1、根據(jù)現(xiàn)行商事登記制度，分公司向工商部門領(lǐng)取了加載法人和其他組織統(tǒng)一社會信用代碼的營業(yè)執(zhí)照后，無需再次進行稅務(wù)登記，不再領(lǐng)取稅務(wù)登記證。
也就是說，分公司設(shè)立以后，即有單獨的納稅人識別號，除企業(yè)所得稅有特殊規(guī)定外，其他所有稅種，它都是獨立的納稅人（扣繳義務(wù)人）。
2、分公司在稅收政策中的官方稱呼叫做「分支機構(gòu)」，既然是機構(gòu)，它就有機構(gòu)所在地，機構(gòu)所在地的稅務(wù)機關(guān)就是它的主管稅務(wù)機關(guān)。
如北京的公司在外省市設(shè)立分公司，那么該分公司的主管稅務(wù)機關(guān)，就是它工商注冊地址對應(yīng)的國、地稅機關(guān)。
3、分公司屬于增值稅政策中的「固定業(yè)戶」，因此，它應(yīng)當向分公司的機構(gòu)所在地主管國稅機關(guān)申報繳納增值稅。
相應(yīng)的，分公司的城建稅稅率就應(yīng)以工商注冊地址的稅率為準，與總公司所在地有可能不一樣。
4、納稅人資格方面，分公司既有可能是小規(guī)模納稅人，也可以申請登記為一般納稅人。
現(xiàn)行政策沒有要求總分公司的納稅人資格一定一致，因此，總公司和分公司可以一個是小規(guī)模，一個是一般納稅人，具體取決于政策規(guī)定和納稅人的選擇。
5、納稅信用等級方面，根據(jù)總局公告2015年第85號的規(guī)定，《納稅信用管理辦法（試行）》（總局公告2014年40號印發(fā)）的適用范圍為：已辦理稅務(wù)登記（含“三證合一、一照一碼”、臨時登記），從事生產(chǎn)、經(jīng)營并適用查賬征收的獨立核算企業(yè)、個人獨資企業(yè)和個人合伙企業(yè)。
因此，符合上述條件的分公司也有自己的納稅信用等級，與總公司的不是一碼事。
6、發(fā)票管理方面，分公司可以向其主管稅務(wù)機關(guān)領(lǐng)取發(fā)票，并按照現(xiàn)行規(guī)定開具。取得的發(fā)票，抬頭和稅號應(yīng)當與其營業(yè)執(zhí)照相一致，根據(jù)總局公告2017年16號的規(guī)定，分公司取得的增值稅普通發(fā)票，也必須正確填寫稅號。
7、分公司為一般納稅人的，符合條件的進項稅額可以抵扣，總分公司的進項稅額不能混抵，實際上雙方的勾選和申報系統(tǒng)是相互獨立的，想混抵也沒有辦法做到。
8、總分公司之間發(fā)生業(yè)務(wù)往來，屬于增值稅征收范圍的，無論會計和所得稅上如何處理，增值稅均需要獨立繳納，并開具發(fā)票。
仍以總分公司如何進行會計核算？中的例子為例，A分公司2017年度實現(xiàn)利潤80萬元，根據(jù)總公司規(guī)定，上交管理費50萬元，這筆業(yè)務(wù)應(yīng)當由總公司向A分公司開具增值稅發(fā)票，按照現(xiàn)代服務(wù)中的「企業(yè)管理服務(wù)」稅目繳納增值稅。
在總分公司均為一般納稅人的情況下，一方繳納的增值稅可以在另一方抵扣，因此，不會影響公司整體的增值稅稅負。
具體到上例，如果這筆款項本質(zhì)上屬于分公司上繳總公司的利潤，且在總分公司簽訂的協(xié)議中明確標明屬于上交經(jīng)營利潤，筆者認為，這筆業(yè)務(wù)就不屬于增值稅的征收范圍，無需開具發(fā)票。
9、所有的地稅業(yè)務(wù)，包括個人所得稅、房產(chǎn)稅、土地使用稅、土地增值稅、環(huán)保稅、印花稅等，均應(yīng)在分公司機構(gòu)所在地獨立繳納。
10、稅收優(yōu)惠方面
（1）小微企業(yè)免征增值稅優(yōu)惠：總分公司分別確定，分別享受。
（2）小型微利企業(yè)減半征收企業(yè)所得稅：總分公司合并確定。
（3）總分公司機構(gòu)所在地一個在西部大開發(fā)稅收優(yōu)惠地區(qū)，一個在區(qū)外的，區(qū)內(nèi)適用15%的稅率，區(qū)外適用25%的稅率。（詳見總局公告2012年12號）
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